轉(zhuǎn)自：天津日報

本報訊（記者 岳付玉）當合成生物與大數(shù)據(jù)云計算相互碰撞，會迸發(fā)出怎樣的火花？記者從中國科學院天津工業(yè)生物技術(shù)研究所（以下簡稱“天津工業(yè)生物所”）獲悉，目前，該所攜手亞馬遜云科技推出全球首個基于圖數(shù)據(jù)庫的大腸桿菌調(diào)控代謝關(guān)系知識圖譜ERMer，以及全流程高通量編輯序列設(shè)計云平臺AutoESD等20多項生物計算設(shè)計工具和軟件應(yīng)用。相關(guān)合作正在為健康、能源、農(nóng)業(yè)和環(huán)境等領(lǐng)域的科學研究提供技術(shù)支撐。

日前，在津舉辦的“生物計算設(shè)計”溝通會上，天津工業(yè)生物所方面透露，早在2019年，該所就成立了生物設(shè)計中心平臺實驗室，開始與亞馬遜云科技共同探索生物技術(shù)和信息技術(shù)相結(jié)合的體系，以進一步推動合成生物學發(fā)展。

天津工業(yè)生物所生物設(shè)計中心副主任廖小平介紹，幾年來，天津工業(yè)生物所生物設(shè)計中心團隊與亞馬遜云科技團隊的合作不斷開花結(jié)果，發(fā)布了全球首個基于圖數(shù)據(jù)庫Amazon Neptune的大腸桿菌調(diào)控代謝關(guān)系知識圖譜ERMer，首次提供了全局的代謝調(diào)控圖譜，并通過可視化框架實現(xiàn)了豐富的搜索功能，如多步查詢、最短路徑查詢等。ERMer打破了傳統(tǒng)的低效數(shù)據(jù)檢索方式，有效增強用戶和圖譜的人機交互，大大降低了使用門檻。

將合成生物學的相關(guān)實驗流程進行模塊化、標準化，也是自動化研究不可或缺的一環(huán)。面向微生物遺傳操作，天津工業(yè)生物所生物設(shè)計中心團隊還開發(fā)得到了第一個能夠在所有操作類型、任何基因組位點和跨物種上進行精確、自動化和高通量編輯序列設(shè)計的云平臺AutoESD。該平臺能夠在幾分鐘內(nèi)并行處理包含上千個編輯序列設(shè)計目標的數(shù)百個設(shè)計任務(wù)。與傳統(tǒng)開發(fā)方式相比，開發(fā)時間縮短了75%，總體擁有成本降低50%。

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